Alle 15:50 di venerdì 9 novembre 1888, il cadavere di Mary Kelly viene trasferito dalla stanza numero 13 di Miller's Court all'obitorio di Shoreditch che si trova dietro la chiesa di St. Leonard.

L'esame post-mortem viene eseguito solo il giorno successivo, sabato 10 novembre, alle ore 07:30 dal Dr Phillips, il suo assistente il Doctor Thomas Bond, il chirurgo della polizia della Divisione A il Dr Brown, e dal Dr Dukes di Spitalfields.

Il volto è stato tagliato in tutte le direzioni; numerosi tagli trasversali su tutti i lineamenti; il collo è stato tagliato sino alle vertebre; i tagli mostrano ecchimosi distinte; i seni sono stati rimossi da incisioni semi-circolari; i muscoli associati sono attaccati alle mammelle; il torace è visibile attraverso i tagli; l'addome e l'arco costale sono rimossi sino al pube; coscia anteriore destra scuoiata fino all'osso; coscia sinistra spogliato della pelle e dei muscoli fino al ginocchio; il polpaccio sinistro ha una lunga incisione che va dal ginocchio fino a 12,5 cm.sopra la caviglia; entrambe le braccia e gli avambracci hanno ampie ferite frastagliate; il pollice della mano destra ha un taglio superficiale di 2,5 cm., sono presenti stravaso di sangue nella pelle e diverse escoriazioni sul dorso della mano; la parte inferiore del polmone destro è rotto e strappato via; il polmone sinistro è intatto; il pericardio è aperto e il cuore è assente; cibo parzialmente digerito viene trovato nella cavità addominale e nei resti dello stomaco.

Il corpo viene anche identificato come quello di Marie Jeanette Kelly da Joseph Barnett, compagno e convivente della vittima, grazie alle orecchie ed agli occhi.